Jame so najbolj znan podzemeljski habitat, a ne tudi edini. Mednje spada tudi t.i. intersticial, prostor med zrni nesprijetega sedimenta. Če je ta zalit z vodo, govorimo o vodnem intersticialu, ki je najpomembnejši vir pitne vode, podtalnice. Med t.i. plitve podzemeljske habitate sodijo epikras (plast močno pretrte karbonatne kamnine pod prstjo), kopenski intersticial (t.i. MSS iz francoskega poimenovanja Milieu Souterrain Superficiel), jame oz. cevi v vulkanski lavi in mezišča (hipotelminoreik; na površje mezeča voda tik nad neprepustno kamnino ali plastjo ilovice).

Ker zaradi popolne teme v podzemlju ni rastlin kot primarnih producentov, je razpoložljivost hranil zelo omejena in večinoma vezana na vnos s površja. Prav tako ni dnevnih ali sezonskih nihanj v okoljskih razmerah. Tako je npr. temperatura celo leto blizu povprečni letni temperaturi na površju, vlaga pa običajno zelo visoka.

Hranila prihajajo v jame in druga podzemeljska okolja z rekami ponikalnicami, preniklo vodo (kapnico), z vetrom, lahko pa rastlinski odpad ali živali padejo v vhodna brezna jam. Pomemben vir hranil za podzemeljske živali so tudi površinske živali, ki v podzemlje zaidejo slučajno in tam poginejo in pa živali, ki prihajajo občasno, a aktivno. Taki so npr. netopirji, ki se prehranjujejo na površju, jame pa uporabljajo  le v delu leta: nekatere vrste poleti (ko so tam skupine samic z mladiči, t.i. porodniške kolonije), spet druge pozimi, ko se potopijo v pravo zimsko spanje. Med bivanjem v jami se iztrebljajo in neredko tudi poginejo in tako prispevajo dragocena organska hranila. Podobno je z jamskimi kobilicami.

Živalske vrste in populacije, ki v podzemlju prežive celoten življenjski cikel, imenujemo troglobionti. Imajo posebne prilagoditve na tako okolje (troglomorfoze), kot so na primer: izguba oči in izostrena druga čutila za orientacijo in komunikacijo, podaljšane okončine in reduciran telesni pigment.

Podzemeljske živali in njihovo življenjsko okolje niso varni pred vplivi nepremišljenega delovanja človeka. Številne dejavnosti na površju nepovratno spreminjajo razmere v podzemlju. Npr. regulacije rek z gradnjo jezov spremenijo naravni vodni režim, jame lahko zalijejo ali izsušijo, zastajanje vode pred jezom pa z usedanjem mulja uniči vodni intersticial rek. Kamnolomi in različne gradnje jame neposredno uničijo. Onesnažila s površja se stekajo globoko v podzemlje, saj imajo kraški vodonosniki še posebej nizko samočistilno sposobnost. Na razmere v jamah vpliva tudi zapiranje vhodov, spreminjanje krajine na površju, zasuvanje jam z odpadki in podobno. Lokalno predstavlja potencialno grožnjo tudi dolgotrajen in neselektiven lov z mrtvolovnimi talnimi pastmi, ki lahko zdesetka jamske populacije.

Da so jame vredne posebnega varstva je bilo zapisano že v prvem naravovarstvenem programu pri nas, v znameniti “Spomenici za varstvo narave” iz začetka 20. stoletja. Tudi danes jame in živalstvo v njih varuje državna zakonodaja, jame in nekatere vrste (drobnovratnik, močeril, jamska školjka) pa so deležne še dodatne varstvene pozornosti v okviru evropske Habitatne direktive.